Publication List

Research papers published in science journals   (corresponding author*)

Supervised machine learning of outbred mouse genotypes to predict hepatic immunological tolerance of individuals

Miwa Morita-Nakagawa, Kohji Okamura, Kazuhiko Nakabayashi, Yukiko Inanaga, Seiichi Shimizu, Wen-Zhi Guo*, Masayuki Fujino*, and Xiao-Kang Li*
Sci. Rep. 14, 1, 24399 (2024)
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Machine learning trial to detect sex differences in simple sticker arts of 1606 preschool children

Keiko Matsubara, Yuko Ohgami, Kohji Okamura, Saki Aoto, Maki Fukami*, and Yukiko Shimada
Minerva Pediatr. 76, 3, 343–349 (2024)
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Expression levels and DNA methylation profiles of the growth gene SHOX in cartilage tissues and chondrocytes

Atsushi Hattori, Atsuhito Seki, Naoto Inaba, Kazuhiko Nakabayashi, Kazue Takeda, Kuniko Tatsusmi, Yasuhiro Naiki, Akie Nakamura, Keisuke Ishiwata, Kenji Matsumoto, Michiyo Nasu, Kohji Okamura, Toshimi Michigami, Yuko Katoh-Fukui, Akihiro Umezawa, Tsutomu Ogata, Masayo Kagami, and Maki Fukami*
Sci. Rep. 14, 1, 8069 (2024)
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Differentiation of large extracellular vesicles in oral fluid: combined protocol of small force centrifugation and sedimentation pattern analysis

Takamasa Kawano, Kohji Okamura, Hiroki Shinchi, Koji Ueda, Takeshi Nomura, and Kiyotaka Shiba*
J. Extracell. Biol. 3, 2, e1143 (2024)
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Single-exon deletions of ZNRF3 exon 2 cause congenital adrenal hypoplasia

Naoko Amano, Satoshi Narumi, Katsuya Aizu, Mari Miyazawa, Kohji Okamura, Hirofumi Ohashi, Noriyuki Katsumata, Tomohiro Ishii, and Tomonobu Hasegawa*
J. Clin. Endocrinol. Metab. 109, 3, 641–648 (2024)
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Placental chorionic plate DNA methylation patterns correlate with DNA methylation at SOCS3 in newborn human peripheral blood cells

Kohei Kashima, Tomoko Kawai*, Masako Ikemura, Hiromi Kamura, Saki Aoto, Taisuke Sato, Kenichiro Motomura, Takayuki Iriyama, Takeshi Nagamatsu, Utako Kondou, Hironobu Hyodo, Kohji Okamura, Naoto Takahashi, and Kenichiro Hata
Res. Sq., rs-4553640 (2024)
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Myelodysplasia after clonal hematopoiesis with APOBEC3-mediated CYBB inactivation in retroviral gene therapy for X-CGD

Toru Uchiyama*, Toshinao Kawai, Kazuhiko Nakabayashi, Yumiko Nakazawa, Fumihiro Goto, Kohji Okamura, Toyoki Nishimura, Koji Kato, Nobuyuki Watanabe, Akane Miura, Toru Yasuda, Yukiko Ando, Tomoko Minegishi, Kaori Edasawa, Marika Shimura, Yumi Akiba, Aiko Sato-Otsubo, Tomoyuki Mizukami, Motohiro Kato, Koichi Akashi, Hiroyuki Nunoi, and Masafumi Onodera
Mol. Ther. 31, 12, 3424–3440 (2023)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Prevalence of pathogenic variants in cancer-predisposing genes in second cancer after childhood solid cancers

Masanori Yoshida, Kazuhiko Nakabayashi, Wentao Yang, Aiko Sato-Otsubo, Shin-ichi Tsujimoto, Hiroko Ogata-Kawata, Tomoko Kawai, Keisuke Ishiwata, Mika Sakamoto, Kohji Okamura, Kaoru Yoshida, Ryota Shirai, Tomoo Osumi, Chikako Kiyotani, Yoko Shioda, Keita Terashima, Sae Ishimaru, Yuki Yuza, Masatoshi Takagi, Yuki Arakawa, Toshihiko Imamura, Daisuke Hasegawa, Akiko Inoue, Takako Yoshioka, Shuichi Ito, Daisuke Tomizawa, Katsuyoshi Koh, Kimikazu Matsumoto, Nobutaka Kiyokawa, Seishi Ogawa, Atsushi Manabe, Akira Niwa, Kenichiro Hata, Jun J Yang, and Motohiro Kato*
Cancer Med. 12, 10, 11264–11273 (2023)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Integrator complex subunit 15 controls mRNA splicing and is critical for eye development

Noriyuki Azuma*, Tadashi Yokoi, Taku Tanaka, Emiko Matsuzaka, Yuki Saida, Sachiko Nishina, Miho Terao, Shuji Takada, Maki Fukami, Kohji Okamura, Kayoko Maehara, Tokiwa Yamasaki, Jun Hirayama, Hiroshi Nishina, Hiroshi Handa, and Yuki Yamaguchi
Hum. Mol. Genet. 32, 12, 2032–2045 (2023)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Re-evaluation of whole exome sequencing, including intronic region, in combination with genetic intolerance score for foetal structural anomalies, is helpful for diagnosis, especially in X-linked disorders

Kosuke Taniguchi*, Fuyuki Hasegawa, Yuka Okazaki, Asuka Hori, Hiroko Ogata-Kawata, Saki Aoto, Osuke Migita, Tomoko Kawai, Kazuhiko Nakabayashi, Kohji Okamura, Kana Fukui, Seiji Wada, Katsusuke Ozawa, Yushi Ito, Haruhiko Sago, and Kenichiro Hata*
medRχiv, 2023.02.05.23285039 (2023)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Automated urinary sediment detection for Fabry disease using deep-learning algorithms

Hidetaka Uryu*, Ohsuke Migita*, Minami Ozawa, Chikako Kamijo, Saki Aoto, Kohji Okamura, Fuyuki Hasegawa, Torayuki Okuyama, Motomichi Kosuga, and Kenichiro Hata
Mol. Genet. Metab. Rep. 33, 100921 (2022)
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Collection of 2429 constrained headshots of 277 volunteers for deep learning

Saki Aoto, Mayumi Hangai, Hitomi Ueno-Yokohata, Aki Ueda, Maki Igarashi, Yoshikazu Ito, Motoko Tsukamoto, Tomoko Jinno, Mika Sakamoto, Yuka Okazaki, Fuyuki Hasegawa, Hiroko Ogata-Kawata, Saki Namura, Kazuaki Kojima, Masao Kikuya, Keiko Matsubara, Kosuke Taniguchi, and Kohji Okamura*
Sci. Rep. 12, 1, 3730 (2022)
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Nonconditioned ADA-SCID gene therapy reveals ADA requirement in the hematopoietic system and clonal dominance of vector-marked clones

Toru Uchiyama*, Sirirat Takahashi, Kazuhiko Nakabayashi, Kohji Okamura, Kaori Edasawa, Masafumi Yamada, Nobuyuki Watanabe, Emi Mochizuki, Toru Yasuda, Akane Miura, Motohiro Kato, Daisuke Tomizawa, Makoto Otsu, Tadashi Ariga, and Masafumi Onodera
Mol. Ther. Methods Clin. Dev. 23, 424–433 (2021)
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NUDT15 variants confer high incidence of second malignancies of acute lymphoblastic leukemia in children

Masanori Yoshida, Kazuhiko Nakabayashi, Wentao Yang, Aiko Sato-Otsubo, Shin-ichi Tsujimoto, Hiroko Ogata-Kawata, Tomoko Kawai, Keisuke Ishiwata, Mika Sakamoto, Kohji Okamura, Kaoru Yoshida, Ryota Shirai, Tomoo Osumi, Takaya Moriyama, Rina Nishii, Hiroyuki Takahashi, Chikako Kiyotani, Yoko Shioda, Keita Terashima, Sae Ishimaru, Yuki Yuza, Masatoshi Takagi, Yuki Arakawa, Akitoshi Kinoshita, Moeko Hino, Toshihiko Imamura, Daisuke Hasegawa, Yozo Nakazawa, Mayuko Okuya, Harumi Kakuda, Nao Takasugi, Akiko Inoue, Kentaro Ohki, Takako Yoshioka, Shuichi Ito, Daisuke Tomizawa, Katsuyoshi Koh, Kimikazu Matsumoto, Masashi Sanada, Nobutaka Kiyokawa, Akira Ohara, Seishi Ogawa, Atsushi Manabe, Akira Niwa, Kenichiro Hata, Jun Yang, and Motohiro Kato*
Blood Adv. 5, 23, 5420–5428 (2021)
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Characteristics of genetic alterations of peripheral T-cell lymphoma in childhood including identification of novel fusion genes: the Japan Children's Cancer Group (JCCG)

Kentaro Ohki*, Nobutaka Kiyokawa, Satoru Watanabe, Hideto Iwafuchi, Astuko Nakazawa, Keisuke Ishiwata, Hiroko Ogata-Kawata, Kazuhiko Nakabayashi, Kohji Okamura, Fumiko Tanaka, Reiji Fukano, Kenichiro Hata, Tetsuya Mori, Akiko Moriya Saito, Yasuhide Hayashi, Takashi Taga, Masahiro Sekimizu, and Ryoji Kobayashi
Br. J. Haematol. 194, 4, 718–729 (2021)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Specimen-specific drift of densities defines distinct subclasses of extracellular vesicles from human whole saliva

Satoshi Yamamoto, Kohji Okamura, Risa Fujii, Takamasa Kawano, Koji Ueda, Yasutomo Yajima, and Kiyotaka Shiba*
PLOS ONE 16, 4, e0249526 (2021)
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A novel missense variant of the GNAI3 gene and recognisable morphological characteristics of the mandibula in ARCND1

Kumiko Yanagi*, Noriko Morimoto, Manami Iso, Yukimi Abe, Kohji Okamura, Tomoo Nakamura, Yoichi Matsubara, and Tadashi Kaname*
J. Hum. Genet. 66, 10, 1029–1034 (2021)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Identification of an epigenetic signature in human induced pluripotent stem cells using a linear machine learning model

Koichiro Nishino*, Ken Takasawa, Kohji Okamura, Yoshikazu Arai, Asato Sekiya, Hidenori Akutsu, and Akihiro Umezawa
Hum. Cell 34, 1, 99–110 (2021)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

High-precision multiclass cell classification by supervised machine learning on lectin microarray data

Mayu Shibata, Kohji Okamura, Kei Yura, and Akihiro Umezawa*
Regen. Ther. 15, 195–201 (2020)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Diversification of CpG-island promoters revealed by comparative analysis between human and rhesus monkey genomes

Saki Aoto, Mayu Fushimi, Kei Yura, and Kohji Okamura*
Mamm. Genome 31, 7–8, 240–251 (2020)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

A novel EFTUD2 mutation identified an adult male with mandibulofacial dysostosis Guion-Almeida type

Yoko Narumi-Kishimoto*, Hiroshi Ozawa, Kumiko Yanagi, Tomoko Kawai, Kohji Okamura, Kenichiro Hata, Tadashi Kaname, and Yoichi Matsubara
Clin. Dysmorphol. 29, 4, 186–188 (2020)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Comprehensive analysis of whole genome methylation in mouse blastocysts cultured with four different constituents following in vitro fertilization

Yu Horibe*, Kazuhiko Nakabayashi, Miyuki Arai, Kohji Okamura, Kazunori Hashimoto, Hideo Matsui, and Kenichiro Hata
Middle East Fertil. Soc. J. 24, 1, 9 (2020)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Epitranscriptomic profiling in human placenta: N6-methyladenosine modification at the 5'-untranslated region is related to fetal growth and preeclampsia

Kosuke Taniguchi, Tomoko Kawai, Jo Kitawaki, Junko Tomikawa, Kazuhiko Nakabayashi, Kohji Okamura, Haruhiko Sago, and Kenichiro Hata*
FASEB J. 34, 1, 494–512 (2020)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Exploring trophoblast-specific Tead4 enhancers through chromatin conformation capture assays followed by functional screening

Junko Tomikawa*, Shuji Takada, Kohji Okamura, Miho Terao, Hiroko Ogata-Kawata, Hidenori Akutsu, Satoshi Tanaka, Kenichiro Hata, and Kazuhiko Nakabayashi*
Nucleic Acids Res. 48, 1, 278–289 (2020)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Frequent retrotransposition of endogenous genes in ERCC2-deficient cells derived from a patient with xeroderma pigmentosum

Saki Aoto, Saki Katagiri, Yi Wang, Alistair T. Pagnamenta, Rie Sakamoto-Abutani, Masashi Toyoda, Akihiro Umezawa*, and Kohji Okamura
Stem Cell Res. Ther. 10, 1, 273 (2019)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Acute promyelocytic leukemia with a cryptic insertion of RARA into TBL1XR1

Tomoo Osumi*, Akihiro Watanabe, Kohji Okamura, Kazuhiko Nakabayashi, Masanori Yoshida, Shin-ichi Tsujimoto, Meri Uchiyama, Hiroyuki Takahashi, Daisuke Tomizawa, Kenichiro Hata, Nobutaka Kiyokawa, and Motohiro Kato
Genes Chromosomes Cancer 58, 11, 820–823 (2019)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Transient multifocal genomic crisis creating chromothriptic and non-chromothriptic rearrangements in prezygotic testicular germ cells

Atsushi Hattori, Kohji Okamura, Yumiko Terada, Rika Tanaka, Yuko Katoh-Fukui, Yoichi Matsubara, Keiko Matsubara, Masayo Kagami, Reiko Horikawa, and Maki Fukami*
BMC Med. Genomics 12, 77 (2019)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

A novel KMT2A–ACTN2 fusion in infant B-cell acute lymphoblastic leukemia

Masanori Yoshida, Kazuhiko Nakabayashi, Hiroko Ogata-Kawata, Tomoo Osumi, Shin-ichi Tsujimoto, Ryota Shirai, Kaoru Yoshida, Kohji Okamura, Kimikazu Matsumoto, Nobutaka Kiyokawa, Daisuke Tomizawa, Kenichiro Hata, and Motohiro Kato*
Pediatr. Blood Cancer 66, 8, e27821 (2019)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Whole transcriptome sequencing reveals a KMT2A–USP2 fusion in infant acute myeloid leukemia

Junji Ikeda, Norio Shiba*, Shin‐ichi Tsujimoto, Masanori Yoshida, Kazuhiko Nakabayashi, Hiroko Ogata‐Kawata, Kohji Okamura, Masanobu Takeuchi, Tomoo Osumi, Daisuke Tomizawa, Kenichiro Hata, Nobutaka Kiyokawa, Shuichi Ito, and Motohiro Kato
Genes Chromosomes Cancer 58, 9, 669–672 (2019)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Novel SIN3A mutation identified in a Japanese patient with Witteveen-Kolk syndrome

Yoko Narumi-Kishimoto*, Naomi Araki, Ohsuke Migita, Tomoko Kawai, Kohji Okamura, Kazuhiko Nakabayashi, Tadashi Kaname, Yuri Ozawa, Hiroshi Ozawa, Fumio Takada, and Kenichiro Hata
Eur. J. Med. Genet. 62, 9, 103547 (2019)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Clinical and molecular characteristics of MEF2D fusion-positive precursor B-cell acute lymphoblastic leukemia in childhood, including a novel translocation resulting in MEF2D–HNRNPH1 gene fusion

Kentaro Ohki*, Nobutaka Kiyokawa, Yuya Saito, Shinsuke Hirabayashi, Kazuhiko Nakabayashi, Hitoshi Ichikawa, Yukihide Momozawa, Kohji Okamura, Ai Yoshimi, Hiroko Ogata-Kawata, Hiromi Sakamoto, Motohiro Kato, Keitaro Fukushima, Daisuke Hasegawa, Hiroko Fukushima, Masako Imai, Ryosuke Kajiwara, Takashi Koike, Isao Komori, Atsushi Matsui, Makiko Mori, Koichi Moriwaki, Yasushi Noguchi, Myoung-ja Park, Takahiro Ueda, Shohei Yamamoto, Koichi Matsuda, Teruhiko Yoshida, Kenji Matsumoto, Kenichiro Hata, Michiaki Kubo, Yoichi Matsubara, Hiroyuki Takahashi, Takashi Fukushima, Yasuhide Hayashi, Katsuyoshi Koh, Atsushi Manabe, and Akira Ohara
Haematologica 104, 1, 128–137 (2019)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Recurrent RARB translocations in acute promyelocytic leukemia lacking RARA translocation

Tomoo Osumi, Shin-ichi Tsujimoto, Moe Tamura, Meri Uchiyama, Kazuhiko Nakabayashi, Kohji Okamura, Masanori Yoshida, Daisuke Tomizawa, Akihiro Watanabe, Hiroyuki Takahashi, Tsukasa Hori, Shohei Yamamoto, Kazuko Hamamoto, Masahiro Migita, Hiroko Ogata-Kawata, Toru Uchiyama, Hiroe Kizawa, Hitomi Ueno-Yokohata, Ryota Shirai, Masafumi Seki, Kentaro Ohki, Junko Takita, Takeshi Inukai, Seishi Ogawa, Toshio Kitamura, Kimikazu Matsumoto, Kenichiro Hata, Nobutaka KIyokawa, Susumu Goyama, and Motohiro Kato*
Cancer Res. 78, 16, 4452–4458 (2018)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

An unclassified variant of CHD7 activates a cryptic splice site in a patient with CHARGE syndrome

Yuko Katoh-Fukui, Shuichi Yatsuga, Hirohito Shima, Atsushi Hattori, Akie Nakamura, Kohji Okamura, Kumiko Yanagi, Manami Iso, Tadashi Kaname, Yoichi Matsubara, and Maki Fukami*
Hum. Genome Var. 5, 18006 (2018)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Protein-altering variants of PTPN2 in childhood-onset Type 1A diabetes

Misako Okuno, Tadayuki Ayabe, Ichiro Yokota, Ikuma Musha, Kentaro Shiga, Toru Kikuchi, Nobuyuki Kikuchi, Akira Ohtake, Akie Nakamura, Kazuhiko Nakabayashi, Kohji Okamura, Yukihide Momozawa, Michiaki Kubo, Junichi Suzuki, Tatsuhiko Urakami, Tomoyuki Kawamura, Shin Amemiya, Tsutomu Ogata, Shigetaka Sugihara, and Maki Fukami*
Diabet. Med. 35, 3, 376–380 (2018)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Delayed degradation and impaired dendritic delivery of intron-lacking EGFP-Arc/Arg3.1 mRNA in EGFP-Arc transgenic mice

Oswald Steward*, Kelly Matsudaira Yee, Shannon Farris, Patricia S. Pirbhoy, Paul Worley, Kohji Okamura, Hiroyuki Okuno, and Haruhiko Bito
Front. Mol. Neurosci. 10, 435 (2018)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Molecular characteristics of the KCNJ5 mutated aldosterone-producing adenomas

Masanori Murakami, Takanobu Yoshimoto*, Kazuhiko Nakabayashi, Yujiro Nakano, Takahiro Fukaishi, Kyoichiro Tsuchiya, Isao Minami, Ryotaro Bouchi, Kohji Okamura, Yasuhisa Fujii, Koshi Hashimoto, Ken-ichiro Hata, Kazunori Kihara, and Yoshihiro Ogawa
Endocr. Relat. Cancer 24, 10, 531–541 (2017)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Fetal therapy model of myelomeningocele with three-dimensional skin using amniotic fluid cell-derived induced pluripotent stem cells

Kazuhiro Kajiwara, Tomohiro Tanemoto, Seiji Wada, Jurii Karibe, Norimasa Ihara, Yu Ikemoto, Tomoyuki Kawasaki, Yoshie Oishi, Osamu Samura, Kohji Okamura, Shuji Takada, Hidenori Akutsu, Haruhiko Sago, Aikou Okamoto, and Akihiro Umezawa*
Stem Cell Reports 8, 6, 1701–1713 (2017)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Potential roles of DNA methylation in the initiation and establishment of replicative senescence revealed by array-based methylome and transcriptome analyses

Mizuho Sakaki*, Yukiko Ebihara, Kohji Okamura, Kazuhiko Nakabayashi, Arisa Igarashi, Kenji Matsumoto, Kenichiro Hata, Yoshiro Kobayashi*, and Kayoko Maehara*
PLOS ONE 12, 2, e0171431 (2017)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

ZNF384-related fusion genes define a subgroup of childhood B-cell precursor acute lymphoblastic leukemia with a characteristic immunotype

Shinsuke Hirabayashi, Kentaro Ohki*, Kazuhiko Nakabayashi, Hitoshi Ichikawa, Yukihide Momozawa, Kohji Okamura, Akinori Yaguchi, Kazuki Terada, Yuya Saito, Ai Yoshimi, Hiroko Ogata-Kawata, Hiromi Sakamoto, Motohiro Kato, Junya Fujimura, Moeko Hino, Akitoshi Kinoshita, Harumi Kakuda, Hidemitsu Kurosawa, Keisuke Kato, Ryosuke Kajiwara, Koichi Moriwaki, Tsuyoshi Morimoto, Kozue Nakamura, Yasushi Noguchi, Tomoo Osumi, Kazuo Sakashita, Junko Takita, Yuki Yuza, Koich Matsuda, Teruhiko Yoshida, Kenji Matsumoto, Kenichiro Hata, Michiaki Kubo, Yoichi Matsubara, Takashi Fukushima, Katsuyoshi Koh, Atsushi Manabe, Akira Ohara, and Nobutaka Kiyokawa
Haematologica 102, 1, 118–129 (2017)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Next-generation sequencing for patients with non-obstructive azoospermia: implications for significant roles of monogenic/oligogenic mutations

Shigeru Nakamura, Mami Miyado, Kazuki Saito, Momori Katsumi, Akie Nakamura, Yoshitomo Kobori, Yoko Tanaka, Hiromichi Ishikawa, Atsumi Yoshida, Hiroshi Okada, Kenichiro Hata, Kazuhiko Nakabayashi, Kohji Okamura, Hiroko Ogata, Yoichi Matsubara, Tsutomu Ogata, Hideo Nakai, and Maki Fukami*
Andrology 5, 4, 824–831 (2017)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Genome-wide multilocus imprinting disturbance analysis in Temple syndrome and Kagami-Ogata syndrome

Masayo Kagami*, Keiko Matsubara, Kazuhiko Nakabayashi, Akie Nakamura, Shinichiro Sano, Kohji Okamura, Kenichiro Hata, Maki Fukami, and Tsutomu Ogata*
Genet. Med. 19, 4, 476–482 (2017)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Targeted DNA demethylation in vivo using dCas9–peptide repeat and scFv–TET1 catalytic domain fusions

Sumiyo Morita, Hirofumi Noguchi, Takuro Horii, Kazuhiko Nakabayashi, Mika Kimura, Kohji Okamura, Atsuhiko Sakai, Hideyuki Nakashima, Kenichiro Hata, Kinichi Nakashima, and Izuho Hatada*
Nat. Biotechnol. 34, 10, 1060–1065 (2016)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

In vivo maturation of human embryonic stem cell-derived teratoma over time

Hidenori Akutsu, Michiyo Nasu, Shojiroh Morinaga, Teiichi Motoyama, Natsumi Homma, Masakazu Machida, Mayu Yamazaki-Inoue, Kohji Okamura, Kazuhiko Nakabayashi, Shuji Takada, Naoko Nakamura, Seiichi Kanzaki, Kenichiro Hata, and Akihiro Umezawa*
Regen. Ther. 5, 31–39 (2016)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

NR0B1 frameshift mutation in a boy with idiopathic central precocious puberty

Hirohito Shima, Shuichi Yatsuga, Akie Nakamura, Shinichiro Sano, Takako Sasaki, Noriyuki Katsumata, Erina Suzuki, Kenichro Hata, Kazuhiko Nakabayashi, Yukihide Momozawa, Michiaki Kubo, Kohji Okamura, Shigeo Kure, Yoichi Matsubara, Tsutomu Ogata, Satoshi Narumi, and Maki Fukami*
Sex. Dev. 10, 4, 205–209 (2016)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Complex genomic rearrangement within the GNAS region associated with familial pseudohypoparathyroidism type 1b

Akie Nakamura, Erika Hamaguchi, Reiko Horikawa, Yasuyuki Nishimura, Masayuki Yamada, Keiko Matsubara, Shinichiro Sano, Keisuke Nagasaki, Yoichi Matsubara, Akihiro Umezawa, Toshihiro Tajima, Tsutomu Ogata, Masayo Kagami, Kohji Okamura, and Maki Fukami*
J. Clin. Endocrinol. Metab. 101, 7, 2623–2627 (2016)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Distinctive features of single nucleotide alterations in induced pluripotent stem cells with different types of DNA repair deficiency disorders

Kohji Okamura, Hironari Sakaguchi, Rie Sakamoto-Abutani, Mahito Nakanishi, Ken Nishimura, Mayu Yamazaki-Inoue, Manami Ohtaka, Vaiyapuri S. Periasamy, Ali A. Alshatwi, Akon Higuchi, Kazunori Hanaoka, Kazuhiko Nakabayashi, Shuji Takada, Kenichiro Hata, Masashi Toyoda, and Akihiro Umezawa*
Sci. Rep. 6, 26342 (2016)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Human genetic variation database, a reference database of genetic variations in the Japanese population

Koichiro Higasa, Noriko Miyake, Jun Yoshimura, Kohji Okamura, Tetsuya Niihori, Hirotomo Saitsu, Koichiro Doi, Masakazu Shimizu, Kazuhiko Nakabayashi, Yoko Aoki, Yoshinori Tsurusaki, Shinichi Morishita, Takahisa Kawaguchi, Osuke Migita, Keiko Nakayama, Mitsuko Nakashima, Jun Mitsui, Maiko Narahara, Keiko Hayashi, Ryo Funayama, Daisuke Yamaguchi, Hiroyuki Ishiura, Wen-Ya Ko, Kenichiro Hata, Takeshi Nagashima, Ryo Yamada, Yoichi Matsubara*, Akihiro Umezawa*, Shoji Tsuji*, Naomichi Matsumoto*, and Fumihiko Matsuda*
J. Hum. Genet. 61, 6, 547–553 (2016)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Lists of HumanMethylation450 BeadChip probes with nucleotide-variant information obtained from the phase 3 data of the 1000 genomes project

Kohji Okamura, Tomoko Kawai, Kenichiro Hata, and Kazuhiko Nakabayashi*
Genom. Data 7, 67–69 (2016)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Complete genome sequence of the mitochondrial DNA of the sparkling enope squid, Watasenia scintillans

Keiko Hayashi, Yuri L. Kawai, Kei Yura, Masa-aki Yoshida, Atasushi Ogura, Kenichiro Hata, Kazuhiko Nakabayashi, and Kohji Okamura*
Mitochondrial DNA A 27, 3, 1842–1843 (2016)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Genomic, epigenomic, and transcriptomic profiling towards identifying omics features and specific biomarkers that distinguish uterine leiomyosarcoma and leiomyoma at molecular levels

Tomoko Miyata, Kenzo Sonoda, Junko Tomikawa, Chiharu Tayama, Kohji Okamura, Kayoko Maehara, Hiroaki Kobayashi, Norio Wake, Kiyoko Kato, Kenichiro Hata*, and Kazuhiko Nakabayashi*
Sarcoma 2015, 412068 (2015)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Increased epigenetic alterations at the promoters of transcriptional regulators following inadequate maternal gestational weight gain

Tomoko Kawai*, Takahiro Yamada, Kosei Abe, Kohji Okamura, Hiromi Kamura, Rina Akaishi, Hisanori Minakami, Kazuhiko Nakabayashi*, and Kenichiro Hata*
Sci. Rep. 5, 14224 (2015)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Whole-exome sequencing of fibroblast and its iPS cell lines derived from a patient diagnosed with xeroderma pigmentosum

Kohji Okamura, Masashi Toyoda, Kenichiro Hata, Kazuhiko Nakabayashi, and Akihiro Umezawa*
Genom. Data 6, 4–6 (2015)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Changepoint detection in base-resolution methylome data reveals a robust signature of methylated domain landscape

Takao Yokoyama, Fumihito Miura, Hiromitsu Araki, Kohji Okamura, and Takashi Ito*
BMC Genomics 16, 594 (2015)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

DNA methylation analysis of human myoblasts during in vitro myogenic differentiation: de novo methylation of promoters of muscle-related genes and its involvement in transcriptional down-regulation

Kohei Miyata, Tomoko Miyata, Kazuhiko Nakabayashi*, Kohji Okamura, Masashi Naito, Tomoko Kawai, Shuji Takada, Kiyoko Kato, Shingo Miyamoto, Kenichiro Hata, and Hiroshi Asahara*
Hum. Mol. Genet. 24, 2, 410–423 (2015)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Complete genome sequence of the mitochondrial DNA of the river lamprey, Lethenteron japonicum

Yuri L. Kawai, Kei Yura, Miyuki Shindo, Rie Kusakabe, Keiko Hayashi, Kenichiro Hata, Kazuhiko Nakabayashi, and Kohji Okamura*
Mitochondrial DNA 26, 6, 863–864 (2015)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Ataxia telangiectasia derived iPS cells show preserved x-ray sensitivity and decreased chromosomal instability

Yoshihiro Fukawatase, Masashi Toyoda, Kohji Okamura, Ken-ichi Nakamura, Kazuhiko Nakabayashi, Shuji Takada, Mayu Yamazaki-Inoue, Akira Masuda, Michiyo Nasu, Kenichiro Hata, Kazunori Hanaoka, Akon Higuchi, Kaiyo Takubo, and Akihiro Umezawa*
Sci. Rep. 4, 5421 (2014)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Compilation of copy number variants identified in phenotypically normal and parous Japanese women

Ohsuke Migita, Kayoko Maehara, Hiromi Kamura, Kei Miyakoshi, Mamoru Tanaka, Seiichi Morokuma, Kotaro Fukushima, Tomihiro Shimamoto, Shigeru Saito, Haruhiko Sago, Keiichiro Nishihama, Kosei Abe, Kazuhiko Nakabayashi, Akihiro Umezawa, Kohji Okamura*, and Kenichiro Hata*
J. Hum. Genet. 59, 6, 326–331 (2014)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Genome-wide parent-of-origin DNA methylation analysis reveals the intricacies of human imprinting and suggests a germline methylation-independent mechanism of establishment

Franck Court, Chiharu Tayama, Valeria Romanelli, Alex Martin-Trujillo, Isabel Iglesias-Platas, Kohji Okamura, Naoko Sugahara, Carlos Simón, Harry Moore, Julie V. Harness, Hans Keirstead, Jose Vicente Sanchez-Mut, Eisuke Kaneki, Pablo Lapunzina, Hidenobu Soejima, Norio Wake, Manel Esteller, Tsutomu Ogata, Kenichiro Hata, Kazuhiko Nakabayashi*, and David Monk*
Genome Res. 24, 4, 554–569 (2014)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Characterization of the compact bicistronic microRNA precursor, miR-1/miR-133, expressed specifically in Ciona muscle tissues

Rie Kusakabe*, Saori Tani, Koki Nishitsuji, Miyuki Shindo, Kohji Okamura, Yuki Miyamoto, Kenta Nakai, Yutaka Suzuki, Takehiro G. Kusakabe, and Kunio Inoue
Gene Expr. Patterns 13, 1–2, 43–50 (2013)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Profiling ascidian promoters as the primordial type of vertebrate promoter

Kohji Okamura, Riu Yamashita, Noriko Takimoto, Koki Nishitsuji, Yutaka Suzuki, Takehiro G. Kusakabe, and Kenta Nakai*
BMC Genomics 12, Suppl 3, S7 (2011)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Cross-validated methods for promoter/transcription start site mapping in SL trans-spliced genes, established using the Ciona intestinalis troponin I gene

Parul Khare, Sandra I. Mortimer, Cynthia L. Cleto, Kohji Okamura, Yutaka Suzuki, Takehiro Kusakabe, Kenta Nakai, Thomas H. Meedel, and Kenneth E. M. Hastings*
Nucleic Acids Res. 39, 7, 2638–2648 (2011)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Gradual transition from mosaic to global DNA methylation patterns during deuterostome evolution

Kohji Okamura, Kazuaki A. Matsumoto, and Kenta Nakai*
BMC Bioinformatics 11, Suppl 7, S2 (2010)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Retrotransposition as a source of new promoters

Kohji Okamura and Kenta Nakai*
Mol. Biol. Evol. 25, 6, 1231–1238 (2008)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Characterization of the differentially methylated region of the Impact gene that exhibits Glires-specific imprinting

Kohji Okamura*, Richard F. Wintle, and Stephen W. Scherer
Genome Biol. 9, 11, R160 (2008)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Evolutionary implications of inversions that have caused intra-strand parity in DNA

Kohji Okamura, John Wei, and Stephen W. Scherer*
BMC Genomics 8, 160 (2007)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Global variation in copy number in the human genome

Richard Redon, Shumpei Ishikawa, Karen R. Fitch, Lars Feuk, George H. Perry, T. Daniel Andrews, Heike Fiegler, Michael H. Shapero, Andrew R. Carson, Wenwei Chen, Eun Kyung Cho, Stephanie Dallaire, Jennifer L. Freeman, Juan R. González, Mònica Gratacòs, Jing Huang, Dimitrios Kalaitzopoulos, Daisuke Komura, Jeffrey R. MacDonald, Christian R. Marshall, Rui Mei, Lyndal Montgomery, Kunihiro Nishimura, Kohji Okamura, Fan Shen, Martin J. Somerville, Joelle Tchinda, Armand Valsesia, Cara Woodwark, Fengtang Yang, Junjun Zhang, Tatiana Zerjal, Jane Zhang, Lluis Armengol, Donald F. Conrad, Xavier Estivill, Chris Tyler-Smith, Nigel P. Carter, Hiroyuki Aburatani, Charles Lee, Keith W. Jones, Stephen W. Scherer*, and Matthew E. Hurles*
Nature 444, 7118, 444–454 (2006)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Frequent appearance of novel protein-coding sequences by frameshift translation

Kohji Okamura, Lars Feuk, Tomàs Marquès-Bonet, Arcadi Navarro, and Stephen W. Scherer*
Genomics 88, 6, 690–697 (2006)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

A comprehensive analysis of allelic methylation status of CpG islands on human chromosome 11q: comparison with chromosome 21q

Yoichi Yamada, Tomoyo Shirakawa, Todd D. Taylor, Kohji Okamura, Hidenobu Soejima, Michiko Uchiyama, Tsuyoshi Iwasaka, Tsunehiro Mukai, Ken-ichiro Muramoto, Yoshiyuki Sakaki, and Takashi Ito*
DNA Seq. 17, 4, 300–306 (2006)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Lessons from comparative analysis of species-specific imprinted genes

Kohji Okamura and Takashi Ito*
Cytogenet. Genome Res. 113, 1–4, 159–164 (2006)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Comparative genomics approach toward critical determinants for the imprinting of an evolutionarily conserved gene Impact

Kohji Okamura, Yoshiyuki Sakaki, and Takashi Ito*
Biochem. Biophys. Res. Commun. 329, 3, 824–830 (2005)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

An evolutionary scenario for genomic imprinting of Impact lying between nonimprinted neighbors

Kohji Okamura, Yoichi Yamada, Yoshiyuki Sakaki, and Takashi Ito*
DNA Res. 11, 6, 381–390 (2004)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Comparative genome analysis of the mouse imprinted gene Impact and its nonimprinted human homolog IMPACT: toward the structural basis for species-specific imprinting

Kohji Okamura, Yuriko Hagiwara-Takeuchi, Tao Li, Thanh H. Vu, Momoki Hirai, Masahira Hattori, Yoshiyuki Sakaki, Andrew R. Hoffman*, and Takashi Ito*
Genome Res. 10, 12, 1878–1889 (2000)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Collision-energy-resolved Penning ionization electron spectroscopy of p-benzoquinone: study of electronic structure and anisotropic interaction with He*(23S) metastable atoms

Naoki Kishimoto, Kohji Okamura, and Koichi Ohno*
J. Chem. Phys. 120, 23, 11062–11070 (2004)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Effect of HOMO levels on chemiionization of substituted ethylenes by metastable helium atoms

Hideo Yamakado, Kohji Okamura, Keijiro Ohshimo, Naoki Kishimoto, and Koichi Ohno*
Chem. Lett. 26, 3, 269–270 (1997)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Penning ionization of HCHO, CH2CH2, and CH2CHCHO by collision with He*(23S) metastable atoms

Koichi Ohno*, Kohji Okamura, Hideo Yamakado, Shigeo Hoshino, Tomohide Takami, and Masayo Yamauchi
J. Phys. Chem. 99, 39, 14247–14253 (1995)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

New aspects on fluorescence quenching by molecular oxygen. 2. Inhibition of long-distance electron transfer in acetonitrile

Chika Sato, Koichi Kikuchi*, Kohji Okamura, Yasutake Takahashi, and Tsutomu Miyashi
J. Phys. Chem. 99, 46, 16925–16931 (1995)
[PubMed] [DOI] [Full Text] [PDF]

Book chapters

The contribution of frameshift translation to the generation of novel human proteins

Kohji Okamura and Stephen W. Scherer
Evolution of Human Gene Structure and Function, Handbook of Human Molecular Evolution, John Wiley & Sons, ISBN 978-0-470-51746-8 976–983 (2008)
[Abstract]

The contribution of frameshift translation to the generation of novel human proteins (A20792)

Kohji Okamura and Stephen W. Scherer
Encyclopedia of Life Sciences, John Wiley & Sons (2007)
[DOI]

Japanese publications

スプレッドシートに代わる関係データベースの活用

岡村 浩司
遺伝子医学 (ISSN 1343-0971) 13, 1 (ISBN 978-4-909508-21-8), 67–73 (2023)
[要旨]

ゲノム塩基配列を用いたディープラーニングから考察する未来の遺伝カウンセリング

岡村 浩司
日本遺伝カウンセリング学会誌 43, 4, 199–205 (2022)
[要旨]

間葉系幹細胞研究を変えつつある人工知能

柴田 眞侑, 岡村 浩司, 梅澤 明弘
医学のあゆみ (ASIN B0851M9H94) 272, 10, 1064–1068 (2020)
[要旨]

未来のゲノムデータベースから理解するディープラーニング

岡村 浩司
遺伝子医学 (ISSN 1343-0971) 9, 3 (ISBN 978-4-909508-02-7), 124–131 (2019)
[要旨]

サイエンス夜話 DNAってなに? 下戸が読むヒトゲノム 前編

岡村 浩司
日加タイムス 2004年12月3日号 The Nikka Times (Japanese Weekly Newspaper of Canada) 26, 48, 16–17 (2004)
[記事]

サイエンス夜話 DNAってなに? 下戸が読むヒトゲノム 後編

岡村 浩司
日加タイムス 2004年12月10日号 The Nikka Times (Japanese Weekly Newspaper of Canada) 26, 49, 15 (2004)
[記事]

Patents

Materials and methods for glycan profiling

Akihiro Umezawa, Kohji Okamura, Mayu Shibata, Masao Yamada (National Center for Child Health and Development, Glycotechnica Ltd.)
United States Patent Application No. 16/933835 (July 20, 2020)
[要約] [詳細]

細胞判定装置、細胞判定方法及びプログラム

西野 光一郎, 新井 良和, 梅澤 明弘, 阿久津 英憲, 岡村 浩司, 堀家 慎一, 犬塚 博之 (国立大学法人宮崎大学, 国立研究開発法人国立成育医療研究センター, 国立大学法人金沢大学, 国立大学法人東北大学)
特願2019-034684 (2019年02月27日)
[要約] [詳細]

非破壊的な細胞解析方法

梅澤 明弘, 岡村 浩司, 柴田 眞侑, 野中 秀紀, 山田 雅雄, 横田 京子 (国立研究開発法人国立成育医療研究センター, ロート製薬株式会社, 株式会社グライコテクニカ)
特願2018-024097 (2018年02月14日)
[要約] [詳細]

メモリ管理方式

三瓶 英智, 岡村 浩司 (株式会社日立製作所)
特許出願平10-26865 (1998年02月09日), 特許公開平11-224220 (1999年08年17日)
[要約] [詳細]

Presentations   (oral presentation*)

エゾナキウサギゲノムにおけるゲノムインプリンティングを受ける領域の探索
Exploration of allele-specific DNA methylated regions in northern pika

青砥 早希*, 進導 美幸, 山口 藍, 押田 龍夫, 岡村 浩司
第47回日本分子生物学会年会 2AS-16-07/2P-106 (2024年11月28日)
マリンメッセ福岡
[要旨]

エゾナキウサギIMPACTのアレル特異的DNAメチル化
Allele-specific DNA methylation in Northern Pika IMPACT

進導 美幸, 青砥 早希, 山口 藍, 押田 龍夫, 岡村 浩司
第47回日本分子生物学会年会 1P-309 (2024年11月27日)
マリンメッセ福岡
[要旨]

電子カルテ端末からの利用を見据えた医療AIサービスの開発
Development of medical AI services envisioning future integration with EHR terminals

岡村 浩司*, 松井 俊大
第44回医療情報学連合大会 2-C-5-01 (2024年11月22日)
福岡国際会議場
[要旨]

Enhanced retrotransposition of endogenous genes in ERCC2-deficient cells derived from a patient with xeroderma pigmentosum

Kohji Okamura*
29th Congress of Chinese Pediatric Society, 罕见病分会5-1 (October 12, 2024)
西安国际会展中心, 西安, China
[Abstract]

ヒト転写開始点情報を利用したウサギのコアプロモータ領域の特定
Identification of lagomorph core promoter regions using human transcription start sites

青砥 早希, 岡村 浩司
第17回日本エピジェネティクス研究会年会 P-60 (2024年06月14日)
大阪市中央公会堂
[要旨]

動物実験管理ウェブアプリケーションYammaneのオープンソース開発
Open-source and community-level development of a web application of animal experiments

岡村 浩司*
第154回関西実験動物研究会 トピックス (2024年03月01日)
京都大学楽友会館
[要旨]

動物実験管理ウェブアプリケーションのオープンソース開発
Open-source and community-level development of a management system of animal experiments

進導 美幸, 岡村 峻平, 青砥 早希, 黒木 陽子, 岡村 浩司
第46回日本分子生物学会年会 2P-955 (2023年12月07日)
神戸国際展示場
[要旨]

ヒトの老化で観察される遺伝子発現およびDNAメチル化変化の解析
Changes in gene expression and DNA methylation during longitudinal aging in a human individual

後藤 真里*, 芝池 由樹, 佐野 桂, 岡村 浩司
第41回日本ヒト細胞学会学術集会 SY-4 (2023年08月27日)
ウェスタ川越
[要旨]

長期間に渡るヒト一個体の老化で観察される遺伝子発現およびDNAメチル化変化
Changes in gene expression and DNA methylation during longitudinal aging in a human individual

岡村 浩司, 芝池 由樹, 佐野 桂, 後藤 真里
第16回日本エピジェネティクス研究会年会 P-65 (2023年06月19日)
学術総合センター一橋講堂
[要旨]

動物実験管理システムのオープンソース開発
Open-source and community-level development of a management system of animal experiments

岡村 峻平*, 進導 美幸, 青砥 早希, 黒木 陽子, 岡村 浩司
第70回日本実験動物学会総会 O-38 (2023年05月24日)
つくば国際会議場
[要旨]

医療者は血液培養のGram染色画像から黄色ブドウ球菌とコアグラーゼ陰性ブドウ球菌を判別できるか?

松井 俊大*, 庄司 健介, 岡村 浩司, 神宮司 深雪, 村山 智紀, 宮入 烈
第54回日本小児感染症学会総会・学術集会 D-1-26 (2022年11月05日)
アクロス福岡
[要旨]

遠心沈降速度の分布パターンから細胞外小胞のサブクラスを同定するデータ解析法
Data analysis method to detect subclasses of extracellular vesicles based on the distribution pattern of centrifugal sedimentation rate

河野 孝斉, 岡村 浩司, 植田 幸嗣, 芝 清隆
第9回日本細胞外小胞学会学術集会 P-52 (2022年10月25日)
東京大学伊藤謝恩ホール
[要旨]

ゲノム塩基配列を用いたディープラーニングから考察する未来の遺伝カウンセリング
Understanding deep learning to contribute to the future of genetic counseling

岡村 浩司*
第46回日本遺伝カウンセリング学会学術集会 招待講演 (2022年07月02日)
学術総合センター一橋講堂
[要旨]

細胞のリプログラミングを用いたMMP遺伝子ファミリーの遺伝子発現制御の解析
Analysis of gene regulations of MMP family revealed by using cell reprogramming

片桐 沙紀, 由良 敬, 堀家 慎一, 西野 光一郎, 岡村 浩司
第15回日本エピジェネティクス研究会年会 P-76 (2022年06月09日)
九州大学医学部
[要旨]

ヒトおよびアカゲザルのプロモータ配列比較によるメチル化解析
Alteration of promoter sequences and DNA methylation levels between human and rhesus monkey

青砥 早希, 岡村 浩司
第15回日本エピジェネティクス研究会年会 P-1 (2022年06月09日)
九州大学医学部
[要旨]

ノックアウトマウスにみられる異常な融合転写産物が表現型に与える影響
Effects of abnormal fusion transcript on phenotype in knockout mouse

進導 美幸, 岡村 浩司
第44回日本分子生物学会年会 3P-0633 (2021年12月03日)
パシフィコ横浜
[要旨]

顔画像のオンライン収集の取り組みと深層学習による顔貌学習
Collection of 2429 constrained headshots of 277 volunteers for deep learning

青砥 早希, 植田 亜季, 五十嵐 麻希, 坂本 美佳, 松原 圭子, 岡村 浩司
第44回日本分子生物学会年会 2P-0724 (2021年12月02日)
パシフィコ横浜
[要旨]

小児在宅医療におけるAI技術の利用に関する研究から見えた現状と課題

中村 知夫, 藤澤 剛彦, 諸岡 進太郎, 青砥 早希, 岡村 浩司, 伊藤 愛主, 梅澤 明弘
第10回日本小児在宅医療支援研究会 040 (2021年09月05日)
名古屋国際会議場
[要旨]

種特異的インプリント遺伝子Impact上流における内在性レトロウィルス挿入の進化系統解析
Compilation of endogenous retroviral promoters in upstream regions of Impact, a Glires-specific imprinted gene

進導 美幸, 岡村 浩司
第43回日本分子生物学会年会 3P-0035 (2020年12月04日)
オンライン
[要旨]

ヒトおよびアカゲザルの比較解析によるCpGアイランドプロモータの多様化
Diversification of CpG-island promoters revealed by comparative analysis between human and rhesus monkey genomes

青砥 早希, 伏見 麻由, 由良 敬, 岡村 浩司
第43回日本分子生物学会年会 3P-0034 (2020年12月04日)
オンライン
[要旨]

グライコームに基づく高精度な細胞分類のための教師あり機械学習
Supervised machine learning for high-precision cell classification on glycome

柴田 眞侑, 岡村 浩司, 由良 敬, 梅澤 明弘
第43回日本分子生物学会年会 1P-0375 (2020年12月02日)
オンライン
[要旨]

染色体間相互作用を介した細胞系列特異的Tead4発現制御
An inter-chromosomal enhancer-promoter interaction regulating the cell lineage-specific Tead4 expression

冨川 順子*, 高田 修治, 岡村 浩司, 阿久津 英憲, 田中 智, 秦 健一郎, 中林 一彦
第42回日本分子生物学会年会 3AW-18-5 (2019年12月05日)
福岡サンパレスホテル&ホール
[要旨]

色素性乾皮症患者由来ERCC2欠損細胞における内在性遺伝子のレトロトランスポジション
Frequent retrotransposition of endogenous genes in ERCC2-deficient cells derived from a patient with xeroderma pigmentosum

青砥 早希, 豊田 雅士, 梅澤 明弘, 岡村 浩司
第42回日本分子生物学会年会 1LBA-004 (2019年12月03日)
マリンメッセ福岡
[要旨]

精子形成過程における一過性多焦点性ゲノムクライシスは、クロモスリプシス依存的および非依存的染色体再編成を招く
Transient multifocal genomic crisis creates chromothriptic and non-chromothriptic rearrangements in male germ cells

服部 淳*, 岡村 浩司, 寺田 有美子, 田中 里佳, 福井 由宇子, 松原 洋一, 松原 圭子, 鏡 雅代, 堀川 玲子, 深見 真紀
日本人類遺伝学会第64回大会 APCHG-5 (2019年11月08日)
長崎ブリックホール
[要旨]

RARA陰性APLにおける新規融合遺伝子HNRNPC–RARBの同定
A novel fusion HNRNPC–RARB in acute promyelocytic leukemia without RARA translocation

吉田 馨, 渡辺 輝浩, 大隅 朋生, 木村 俊介, 中林 一彦, 緒方 広子, 岡村 浩司, 白井 了太, 吉田 仁典, 辻本 信一, 富澤 大輔, 高橋 浩之, 松本 公一, 小川 誠司, 清河 信敬, 合山 進, 秦 健一郎, 加藤 元博
第81回日本血液学会学術集会 OS3-12B-5 (2019年10月13日)
東京国際フォーラム
[要旨]

エピゲノム編集とその応用の可能性
Epigenome editing and its application possibility

畑田 出穂*, 森田 純代, 野口 浩史, 堀居 拓郎, 中林 一彦, 木村 美香, 岡村 浩司, 坂井 淳彦, 中嶋 秀行, 秦 健一郎, 中島 欽一
第46回日本毒性学会学術年会 S13-4 (2019年06月27日)
アスティとくしま
[要旨]

Multifocal and multifaceted genomic crisis leading to highly complex chromosomal rearrangements in a boy with congenital disorders

Atsushi Hattori, Kohji Okamura, Yumiko Terada, Rika Tanaka, Yuko Katoh-Fukui, Yoichi Matsubara, Keiko Matsubara, Masayo Kagami, Reiko Horikawa, and Maki Fukami
Pediatric Academic Societies Meeting 2019, 1801.15 (April 27, 2019)
Baltimore Convention Center, Baltimore, US
[Abstract]

第一期IRUD (希少・未診断疾患イニシアチブ) 統計と今後
The 1st stage of Initiative on Rare and Undiagnosed Diseases (IRUD): statistics and challenges

要 匡, 柳 久美子, 磯 まなみ, 小林 奈々, 阿部 幸美, 竹下 芽衣子, 黒木 陽子, 林 恵子, 岡村 浩司, 緒方-川田 広子, 河合 智子, 中林 一彦, 秦 健一郎, 小崎 健次郎, 佐藤 万仁, 松原 洋一
第41回日本分子生物学会年会 3P-0654 (2018年11月30日)
パシフィコ横浜
[要旨]

深層学習および線形分類を利用したトランススプライシングに関わる塩基配列の探索
Search for sequence responsible for trans-splicing using deep learning and linear classification

片桐 沙弥, 片桐 沙紀, 青砥 早希, 西野 光一郎, 岡村 浩司
第41回日本分子生物学会年会 2P-0170 (2018年11月29日)
パシフィコ横浜
[要旨]

細胞をリプログラミングすることで明らかにできたMMPファミリーの遺伝子発現機構
Gene regulation of the MMP family revealed by cell reprogramming

片桐 沙紀, 高澤 建, 由良 敬, 堀家 慎一, 西野 光一郎, 岡村 浩司
第41回日本分子生物学会年会 2P-0138 (2018年11月29日)
パシフィコ横浜
[要旨]

オリゴヌクレオチドの位置関係と畳み込みニューラルネットワークを利用したプロモーター配列の解析
Characterization of promoter sequences using relative position of oligonucleotides and convolutional neural networks

青砥 早希*, 岡村 浩司
第41回日本分子生物学会年会 1PW1-12-3/2P-0169 (2018年11月28日)
パシフィコ横浜
[要旨]

Noonan症候群様症状を示す一卵性双生児の全ゲノム解析
Whole-genome analysis of monozygotic twins discordant for Noonan syndrome

青砥 早希*, 岡村 浩司, 右田 王介, 高田 史男, 中林 一彦, 秦 健一郎
2017年度生命科学系学会合同年次大会 (第40回日本分子生物学会年会) 3P-0525/4P2T18-02 (2017年12月09日)
神戸国際会議場
[要旨]

ゲノム塩基配列における特定塩基長の頻度情報を利用した深層学習による種分類
Species classification using deep learning of oligonucleotide frequencies in genomic sequences

片桐 沙紀*, 岡村 浩司
2017年度生命科学系学会合同年次大会 (第40回日本分子生物学会年会) 3P-0524/4P2T18-01 (2017年12月09日)
神戸国際会議場
[要旨]

クロマチン高次構造に基づいた細胞系列特異的エンハンサーの探索
Exploring cell line-specific enhancers based on higher-order chromatin conformations

冨川 順子, 高田 修治, 岡村 浩司, 阿久津 英憲, 田中 智, 秦 健一郎, 中林 一彦
2017年度生命科学系学会合同年次大会 (第40回日本分子生物学会年会) 2P-0563 (2017年12月07日)
神戸国際展示場
[要旨]

CHARGE症候群患者に見出したCHD7エクソン/イントロン境界領域de novo変異の解析
Characterization of a de novo CHD7 mutation at the exon/intron junction in a patient with CHARGE syndrome

福井 由宇子, 八ツ賀 秀一, 島 彦仁, 服部 淳, 中村 明枝, 岡村 浩司, 柳 久美子, 磯 まなみ, 要 匡, 松原 洋一, 深見 真紀
2017年度生命科学系学会合同年次大会 (第40回日本分子生物学会年会) 1LBA-092 (2017年12月06日)
神戸国際展示場
[要旨]

エピゲノム編集：特定のDNAメチル化領域を効率よく操作する方法の開発
Epigenome editing: manipulating DNA methylation of specific DNA loci using CRISPR/Cas9 and a repeating peptide array-based amplification

森田 純代, 野口 浩史, 堀居 拓郎, 中林 一彦, 木村 美香, 岡村 浩司, 坂井 淳彦, 中嶋 秀行, 秦 健一郎, 中島 欽一, 畑田 出穂
2017年度生命科学系学会合同年次大会 (第40回日本分子生物学会年会) 1P-1330 (2017年12月06日)
神戸国際展示場
[要旨]

深層学習を利用したトランススプライシングに関わるゲノム領域の探索
Search for genomic regions responsible for trans-splicing using deep learning

片桐 沙弥, 片桐 沙紀, 西野 光一郎, 岡村 浩司
2017年度生命科学系学会合同年次大会 (第40回日本分子生物学会年会) 1P-0794 (2017年12月06日)
神戸国際展示場
[要旨]

高速かつ効率的なNGS解析パイプラインを用いた全遺伝子解析
Whole exome sequencing analysis with the high throughput informatics platform

黒木 陽子, 緒方-川田 広子, 出立 兼一, 青砥 早希, 中林 一彦, 河合 智子, 柳 久美子, 磯 まなみ, 佐藤 万仁, 岡村 浩司, 秦 健一郎, 松原 洋一, 要 匡
日本人類遺伝学会第62回大会 P-105 (2017年11月16日)
神戸国際会議場
[要旨]

The placental epitranscriptome: post-transcriptional m6A modification at 5' UTR may relate fetal growth

Kosuke Taniguchi, Tomoko Kawai, Kazuhiko Nakabayashi, Haruhiko Sago, Kohji Okamura, Jo Kitawaki, and Kenichiro Hata
The 2017 Meeting of the International Federation of Placenta Associations, P1.32 (August 31, 2017)
Manchester Central, Manchester, UK
[Abstract]

ヒト胎盤のエピトランスクリプトーム解析
Epitranscriptome of human placental tissue

谷口 公介, 河合 智子, 岡村 浩司, 中林 一彦, 秦 健一郎
第11回日本エピジェネティクス研究会年会 P2-38 (2017年05月23日)
学術総合センター
[要旨]

CRISPR/Cas9ゲノム編集を応用した特定のDNAメチル化領域を脱メチル化する方法の開発
A method for efficient, targeted demethylation of specific DNA loci using CRISPR/Cas9 and a repeating peptide array-based amplification

森田 純代, 野口 浩史, 堀居 拓郎, 中林 一彦, 木村 美香, 岡村 浩司, 坂井 淳彦, 中嶋 秀行, 秦 健一郎, 中島 欽一, 畑田 出穂
第11回日本エピジェネティクス研究会年会 P2-27 (2017年05月23日)
学術総合センター
[要旨]

ゲノム編集技術を利用したエピゲノムの書き換え
Rewriting the epigenome by genome editing technique

森田 純代, 野口 浩史, 堀居 拓郎, 中林 一彦, 木村 美香, 岡村 浩司, 坂井 淳彦, 中嶋 秀行, 秦 健一郎, 中島 欽一, 畑田 出穂*
第39回日本分子生物学会年会 3AS6-7 (2016年12月02日)
パシフィコ横浜
[要旨]

エクソーム解析で同定された先天性部分性脂肪委縮を主症状とする症例の欠失変異
A deletion mutation of the POLD1 gene in a Japanese woman with congenital partial lipodystrophy identified by whole-exome sequencing analysis

柳 久美子, 佐々木 悠, 大久保 久美子, 磯 まなみ, 黒木 陽子, 林 恵子, 緒方-川田 広子, 中林 一彦, 岡村 浩司, 秦 健一郎, 松原 洋一, 要 匡
第39回日本分子生物学会年会 3P-0804 (2016年12月02日)
パシフィコ横浜
[要旨]

ヒトおよびアカゲザルCpGアイランドプロモータの配列比較解析
Comparative analysis of CpG island promoters between the human and rhesus monkey genomes

青砥 早希, 伏見 麻由, 由良 敬, 岡村 浩司
第39回日本分子生物学会年会 2P-0158 (2016年12月01日)
パシフィコ横浜
[要旨]

クロマチン高次構造に基づいた細胞系列特異的エンハンサーの同定
Exploring the cell line-specific enhancers based on chromatin conformation

冨川 順子*, 岡村 浩司, 阿久津 英憲, 田中 智, 秦 健一郎, 中林 一彦
第39回日本分子生物学会年会 1PS19-6 (2016年11月30日)
パシフィコ横浜
[要旨]

希少・未診断遺伝子疾患へのアプローチ
Approaches to rare and undiagnosed genomic diseases in medicine

要 匡, 柳 久美子, 黒木 陽子, 林 恵子, 松井 有紀子, 磯 まなみ, 小岩 史子, 岡村 浩司, 緒方-川田 広子, 中林 一彦, 秦 健一郎, 小崎 健次郎, 松原 洋一
第39回日本分子生物学会年会 1P-0828 (2016年11月30日)
パシフィコ横浜
[要旨]

ハイブリッドアセンブリによる健常日本人男性の全ゲノム配列決定
Hybrid genome assembly of a healthy Japanese male

岡村 浩司, 三浦 巧, 中林 一彦, 秦 健一郎, 佐藤 陽治, 梅澤 明弘
第39回日本分子生物学会年会 1P-0006 (2016年11月30日)
パシフィコ横浜
[要旨]

CRISPR/Casを用いたエピゲノム編集法
Epigenome editing using CRISPR/Cas

森田 純代, 野口 浩史, 堀居 拓郎, 中林 一彦, 木村 美香, 岡村 浩司, 坂井 淳彦, 中嶋 秀行, 秦 健一郎, 中島 欽一, 畑田 出穂*
日本核酸医薬学会第2回年会 S2-2 (2016年11月15日)
東京理科大学葛飾キャンパス
[要旨]

A deletion mutation of the POLD1 gene in a Japanese woman with congenital partial lipodystrophy, mandibular hypoplasia, sensorineural deafness and short stature identified by whole-exome sequencing analysis

Kumiko Yanagi, Haruka Sasaki, Kumiko Ohkubo, Kunihisa Kobayashi, Yuji Tajiri, Manami Iso, Yukiko Matsui, Yoko Kuroki, Hiroko Ogata-Kawata, Kazuhiko Nakabayashi, Kohji Okamura, Kenichiro Hata, Yoichi Matsubara, and Tadashi Kaname
The 66th Annual Meeting of the American Society of Human Genetics, 2282 (October 20, 2016)
Vancouver Convention Centre, Vancouver, Canada
[Abstract]

Epitranscriptome of human placental tissue

Kosuke Taniguchi, Tomoko Kawai, Kohji Okamura, Hiroko Ogata, Michiyo Ohashi, Kazuhiko Nakabayashi, and Kenichiro Hata
The 21st Annual Meeting of the RNA Society, 424 (June 30, 2016)
International Conference Center, Kyoto, Japan
[Abstract]

マウスDlk1-Dio3領域における新規制御領域の探索
Exploration of novel differentially methylated regions on Dlk1-Dio3 domain in mice

原 聡史, 斎藤 剛志, 岡村 浩司, 林 恵子, 伊藤 充輝, 秦 健一郎, Anne C. Ferguson-Smith, 中林 一彦, 高田 修治
第10回日本エピジェネティクス研究会年会 P1-28 (2016年05月19日)
千里ライフサイエンスセンター
[要旨]

クロマチン高次構造に基づいた細胞系列特異的エンハンサーの同定
Identification of the cell line-specific enhancers based on chromatin conformation

冨川 順子, 岡村 浩司, 林 恵子, 阿久津 英憲, 田中 智, 秦 健一郎, 中林 一彦
第38回日本分子生物学会年会・第88回日本生化学会大会 合同大会 3P0623 (2015年12月03日)
神戸国際展示場
[要旨]

健常日本人ゲノムに高頻度で見られる欠失領域のブレークポイント決定
Identification of commonly deleted genomic regions in the Japanese population at single-base resolution

岡村 浩司, 三浦 巧, 中林 一彦, 秦 健一郎, 佐藤 陽治, 梅澤 明弘
第38回日本分子生物学会年会・第88回日本生化学会大会 合同大会 2P0604 (2015年12月02日)
神戸国際展示場
[要旨]

MDLプロットを用いた比較メチローム解析
Comparative methylome analysis with MDL-Plot

三浦 史仁*, 横山 貴央, 荒木 啓充, 岡村 浩司, 伊藤 隆司
第9回日本エピジェネティクス研究会年会 P2-63 (2015年05月26日)
学術総合センター
[要旨]

ヒト老化細胞を利用したエピゲノム解析
A comparison of epigenome in human senescent cells

榊 みずほ, 老原 侑子, 岡村 浩司, 中林 一彦, 秦 健一郎, 小林 芳郎, 前原 佳代子
第37回日本分子生物学会年会 3P-0736 (2014年11月27日)
パシフィコ横浜
[要旨]

変化点検出は単塩基解像度のDNAメチロームデータに基づくゲノムのドメイン分割に有効である
Changepoint detection is useful for partitioning genomic domains with single-resolution DNA methylome data

横山 貴央, 三浦 史仁, 岡村 浩司, 伊藤 隆司
第37回日本分子生物学会年会 3P-0195 (2014年11月27日)
パシフィコ横浜
[要旨]

マウス初期発生過程における細胞種特異的なクロマチン高次構造の解析
Exploring the cell line-specific spatial chromatin organization during mouse early development

冨川 順子, 岡村 浩司, 林 恵子, 阿久津 英憲, 田中 智, 秦 健一郎, 中林 一彦
第37回日本分子生物学会年会 1LBA-29 (2014年11月25日)
パシフィコ横浜
[要旨]

遺伝子治療のための迅速で網羅的な染色体挿入部位同定法の開発
A rapid and comprehensive method to identify vector integration sites for safe gene therapy

岡村 浩司, 河合 利尚, 林 恵子, 秦 健一郎, 小野寺 雅史, 中林 一彦
第37回日本分子生物学会年会 1P-0956 (2014年11月25日)
パシフィコ横浜
[要旨]

塩基配列伸長アセンブラの開発およびマウス3系統のミトコンドリアゲノム配列の完全決定
Development of a new extension-based assembler and determination of mitochondrial DNA sequences of three mouse strains

林 恵子, 秦 健一郎, 中林 一彦, 岡村 浩司
第37回日本分子生物学会年会 1P-0021 (2014年11月25日)
パシフィコ横浜
[要旨]

原因不明胎児異常例におけるエクソーム解析の可能性
Potential of whole exome sequencing for unexplained fetal abnormality

谷垣 伸治*, 右田 王介, 岡村 浩司, 秦 ひろか, 漆山 大知, 佐々木 かりん, 中林 一彦, 左合 治彦, 秦 健一郎
日本人類遺伝学会第59回大会 1O17-5 (2014年11月20日)
タワーホール船堀
[要旨]

Copy number variants identified in Japanese women

Ohsuke Migita, Kayoko Maehara, Kazuhiko Nakabayashi, Kohji Okamura, and Kenichiro Hata
The 64th Annual Meeting of the American Society of Human Genetics, 611M (October 20, 2014)
San Diego Convention Center, San Diego, US
[Abstract]

A comprehensive correlation analysis of all human genes and miRNAs using tissue samples

Kohji Okamura, Arisa Igarashi, Kazue Takeda, Nobutaka Kiyokawa, and Kenji Matsumoto
Regulatory & Non-Coding RNAs, 120 (August 28, 2014)
Cold Spring Harbor Laboratory, New York, US
[Abstract]

Hi-C法による細胞種特異的なクロマチン高次構造解析
Exploring the cell line-specific spatial chromatin organization via analysis of the Hi-C data

冨川 順子, 前原 一満, 岡村 浩司, 林 恵子, 阿久津 英憲, 田中 智, 大川 恭行, 秦 健一郎, 中林 一彦
第8回日本エピジェネティクス研究会年会 P-34 (2014年05月27日)
伊藤国際学術研究センター
[要旨]

ホヤのメチローム解析から探る組織特異的メチル化の起源
Methylome analysis of Ciona intestinalis to reveal the evolutionary origin of tissue-specific DNA methylation

横山 貴央, 三浦 史仁, 岡村 浩司, 日下部 岳広, 伊藤 隆司
第36回日本分子生物学会年会 3P-0040 (2013年12月05日)
神戸ポートピアホテル
[要旨]

ヒトおよびアカゲザルのCpGアイランドプロモータ配列比較解析
Comparative analysis of CpG island promoters between the human and rhesus monkey genomes

伏見 麻由, 由良 敬, 岡村 浩司
第36回日本分子生物学会年会 3P-0015 (2013年12月05日)
神戸ポートピアホテル
[要旨]

ヤツメウナギのミトコンドリアゲノム全配列決定および近縁種との比較解析
Complete genome sequence of the mitochondrial DNA of a river lamprey and comparative analysis among evolutionarily related species

川井 優里, 由良 敬, 進導 美幸, 日下部 りえ, 林 恵子, 秦 健一郎, 中林 一彦, 岡村 浩司
第36回日本分子生物学会年会 2P-0024 (2013年12月04日)
神戸ポートピアホテル
[要旨]

ヤツメウナギゲノムにおける転写開始点決定およびプロモータ配列の特徴
Genome-wide identification and characterization of promoter sequences of Japanese river lamprey

岡村 浩司, 進導 美幸, 日下部 りえ, 鈴木 穣, 林 恵子, 秦 健一郎, 中林 一彦
第36回日本分子生物学会年会 2P-0023 (2013年12月04日)
神戸ポートピアホテル
[要旨]

日本人正常分娩集団に観察される遺伝的多様性

右田 王介, 岡村 浩司, 前原 佳代子, 嘉村 浩美, 中林 一彦, 秦 健一郎
日本人類遺伝学会第58回大会 P144 (2013年11月22日)
江陽グランドホテル
[要旨]

近交系マウスC57BL/6およびJF1の全ゲノムリシークエンシング
Whole-genome resequencing of inbred mouse strains, C57BL/6 and JF1

岡村 浩司, 冨川 順子, 林 恵子, 阿久津 英憲, 秦 健一郎, 中林 一彦
第7回日本エピジェネティクス研究会年会 P-141 (2013年05月31日)
奈良県新公会堂
[要旨]

子宮平滑筋肉腫の分子病態の統合解析
Integrated analysis of gene expression and DNA methylation in uterine sarcoma

宮田 知子, 中林 一彦, 岡村 浩司, 小林 裕明, 奥川 馨, 矢幡 秀昭, 園田 顕三, 加藤 聖子, 秦 健一郎
第7回日本エピジェネティクス研究会年会 P-16 (2013年05月30日)
奈良県新公会堂
[要旨]

相互交雑マウスを用いた網羅的な多型検索とアレル別発現解析
Genome-wide identification of polymorphisms between C57BL/6 and JF1 and allele-specific expression analyses

岡村 浩司*, 林 恵子, 冨川 順子, 阿久津 英憲, 秦 健一郎, 中林 一彦
第35回日本分子生物学会年会 4W2I-6/4P-0148 (2012年12月14日)
福岡国際会議場
[要旨]

日本人集団に共通するコピー数多型
Identification of common copy number variations (CNV) in Japanese population

右田 王介, 前原 佳代子, 岡村 浩司, 西濱 啓一郎, 中林 一彦, 秦 健一郎
第35回日本分子生物学会年会 1P-0595 (2012年12月11日)
マリンメッセ福岡
[要旨]

全ゲノム片親性ダイソミー症例のDNAメチル化解析によるヒトインプリントーム解明
Deciphering the human imprintome by the DNA methylation analysis of genome-wide uniparental disomy cases

田山 千春, アレックス マーティン, 岡村 浩司, 緒方 勤, 副島 英伸, デビット モンク, 秦 健一郎, 中林 一彦*
第35回日本分子生物学会年会 1W1I-7/1P-0118 (2012年12月11日)
福岡国際会議場
[要旨]

遺伝子発現データに基づくHTFアイランドプロモータの定義と配列の特徴
Definition and characterization of HTF island promoters based on gene expression data

川井 優里, 矢野 緑里, 加藤 律子, 岡村 浩司
第34回日本分子生物学会年会 4P-0106 (2011年12月16日)
パシフィコ横浜
[要旨]

レトロトランスポジションによるアレル特異的DMRの生成
Allele-specific DMRs created by a retrotransposition

五島 杏奈, 西尾 瞳, 加藤 律子, 吉田 亘, 川口 壽太郎, 中林 一彦, 岡村 浩司
第34回日本分子生物学会年会 4P-0013 (2011年12月16日)
パシフィコ横浜
[要旨]

ホヤのメチローム解析から探る組織特異的プロモータメチル化の起源
Methylome analysis of C. intestinalis and the origin of tissue specific promoter methylation

横山 貴央, 三浦 史仁, 岡村 浩司, 日下部 岳広, 伊藤 隆司
第34回日本分子生物学会年会 2P-0124 (2011年12月14日)
パシフィコ横浜
[要旨]

Profiling ascidian promoters as the primordial type of vertebrate promoter

Kohji Okamura*, Riu Yamashita, Noriko Takimoto, Koki Nishitsuji, Yutaka Suzuki, Takehiro G. Kusakabe, and Kenta Nakai
The 10th International Conference on Bioinformatics 6.1 (November 30, 2011)
Renaissance Kuala Lumpur Hotel, Kuala Lumpur, Malaysia
[Abstract]

Identification and characterization of protochordate promoters

Mayu Fushimi and Kohji Okamura
Young Researchers Conference on Evolutionary Genomics P-01 (August 01, 2011)
National Center for Sciences Building, Tokyo, Japan
[Abstract]

Gradual transition from mosaic to global DNA methylation patterns during deuterostome evolution

Kohji Okamura*, Kazuaki A. Matsumoto, and Kenta Nakai
The 9th International Conference on Bioinformatics S2 (September 26, 2010)
Waseda University, Tokyo, Japan
[Abstract]

Inference of DNA methylation and its evolution from the ratio of observed to expected number of CpG

Kohji Okamura*
The 4th Virtual Training Workshop on Bioinformatics 38 (September 24, 2010)
Kyushu Institute of Technology, Fukuoka, Japan (on-line)
[Abstract]

哺乳類に見られるグローバルなメチル化パターンの起源
On the origin of global DNA methylation patterns in vertebrates

松本 和晃, 岡村 浩司, 中井 謙太
第32回日本分子生物学会年会 1P-0103 (2009年12月09日)
パシフィコ横浜
[要旨]

無脊椎動物ホヤの大規模転写開始点決定から探るCpGアイランドプロモータの進化
Profiling of ascidian promoters as a primordial type of vertebrate promoters

岡村 浩司, 山下 理宇, 滝本 紀子, 西辻 光希, 鈴木 穣, 日下部 岳広, 中井 謙太
第32回日本分子生物学会年会 1P-0021 (2009年12月09日)
パシフィコ横浜
[要旨]

新規プロモータ生成源としてのレトロ転移
Retrotransposition as a source of new promoters

岡村 浩司*, 中井 謙太
日本遺伝学会第81回大会 MS2-5 (2009年09月17日)
信州大学
[要旨] [Abstract]

筋肉ではたらくmicroRNAの機能と進化

日下部 りえ*, 谷 沙織, 工樂 樹洋, 成瀬 清, 宮本 由紀, 岡村 浩司, 中井 謙太, 日下部 岳広, 井上 邦夫
第15回小型魚類研究会 17 (2009年09月13日)
名古屋大学
[要旨]

Characterization and definition of promoter-associated CpG islands in ascidian genomes

Kohji Okamura*, Riu Yamashita, Noriko Takimoto, Koki Nishitsuji, Yutaka Suzuki, Takehiro G. Kusakabe, and Kenta Nakai
The 5th International Tunicate Meeting Oral 6-4 (June 22, 2009)
Okinawa Industry Support Center, Okinawa, Japan
[Abstract]

Genomic organization and developmental expression of tunicate microRNAs

Saori Tani, Rie Kusakabe, Yuki Miyamoto, Kohji Okamura, Kenta Nakai, Takehiro G. Kusakabe, and Kunio Inoue
The 5th International Tunicate Meeting Poster 6-7 (June 21, 2009)
Okinawa Industry Support Center, Naha, Okinawa, Japan
[Abstract]

Evolution and developmental expression of chordate microRNAs

Rie Kusakabe*, Saori Tani, Shigehiro Kuraku, Yuki Miyamoto, Kohji Okamura, Kenta Nakai, Takehiro G. Kusakabe, and Kunio Inoue
The 42nd Annual Meeting of the Japanese Society of Developmental Biologists WS1-12 (May 30, 2009)
Toki Messe, Niigata, Japan
[Abstract]

レトロ転移による新規プロモータ生成
Retrotransposition as a source of new promoters

岡村 浩司*, 中井 謙太
第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会 合同大会 1T17-8/1P-1321 (2008年12月09日)
神戸ポートピアホテル
[要旨]

Scattered distribution of transcription start sites confers retrotransposability to the promoters

Kohji Okamura* and Kenta Nakai
The 2007 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics, T11/P047 (December 18, 2007)
Miraikan, Tokyo Academic Park, Tokyo, Japan
[Abstract]

種特異的インプリント遺伝子Impactの齧歯目ゲノム比較解析
Characterization of the differentially methylated region of Glires-specific imprinted gene Impact

岡村 浩司*, Richard F. Wintle, and Stephen W. Scherer
第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会 合同大会 2T5-10/3P-0695 (2007年12月12日)
パシフィコ横浜
[要旨]

Evolutionary implications of the symmetry of complementary DNA strands

Kohji Okamura, John Wei, and Stephen W. Scherer
Genetics Networks Program Meeting, The Canadian Institute for Advanced Research, 11 (January 26, 2007)
Hotel InterContinental, Toronto, Canada
[Abstract]

Rapid diversification of genes by frameshift translation

Kohji Okamura, Lars Feuk, Tomàs Marquès-Bonet, Arcadi Navarro, and Stephen W. Scherer
The Biology of Genomes, 228 (May 12, 2006)
Cold Spring Harbor Laboratory, New York, US
[Abstract]

A comprehensive analysis of allelic methylation status of CpG islands on human chromosome 11q

Yoichi Yamada*, Tomoyo Shirakawa, Todd D. Taylor, Kohji Okamura, Hidenobu Soejima, Tsunehiro Mukai, Yoshiyuki Sakaki, Ken-ichiro Muramoto, and Takashi Ito
Human Genome Meeting 2005, 107/347 (April 19, 2005)
Kyoto International Conference Hall, Kyoto, Japan
[Abstract]

Identification and characterization of novel genes and transcriptional units on human chromosome 7 using custom oligonucleotide microarrays

Kohji Okamura, Joseph Cheung, Terence Tang, Junjun Zhang, Jeffery R. MacDonald, Naveed Mohammad, Quaid D. Morris, Brendan J. Frey, Timothy R. Hughes, and Stephen W. Scherer
Genomics Workshop: Identification of Functional Elements in Mammalian Genomes, 81 (November 12, 2004)
Cold Spring Harbor Laboratory, New York, US
[Abstract]

HM-PCR法による網羅的DNAメチル化解析
Comprehensive analysis of DNA methylation by HM-PCR

山田 洋一, 白川 智代, Todd D. Taylor, 岡村 浩司, 副島 英伸, 向井 常博, 榊 佳之, 村本 健一郎, 伊藤 隆司
第27回日本分子生物学会年会 1PA-262 (2004年12月08日)
神戸国際展示場
[要旨]

インプリント遺伝子とタンデムリピート構造との関連性
Comparative genomics to examine a role for tandem repeats in genomic imprinting

岡村 浩司*, 榊 佳之, 伊藤 隆司
第26回日本分子生物学会年会 O2A-2 (2003年12月11日)
神戸国際展示場
[要旨]

ヒト11番染色体長腕、21番染色体長腕上CpGアイランドの網羅的アレル別メチル化解析
A comprehensive analysis of allelic methylation status of CpG islands on human chromosome 11q and 21q

白川 智代, 山田 洋一, 渡辺 日出海, Todd D. Taylor, 中山 綾, 岡村 浩司, 副島 英伸, 向井 常博, 榊 佳之, 伊藤 隆司
第26回日本分子生物学会年会 1PA-214 (2003年12月10日)
神戸国際展示場
[要旨]

Mouse Impact represents a solitary imprinted gene independent of regulation as a chromosomal domain

Kohji Okamura, Yuriko Hagiwara-Takeuchi, Yoshiyuki Sakaki, and Takashi Ito
Human Genome Meeting 2003, 336 (April 28, 2003)
Cancun Convention Centre, Cancun, Mexico
[Abstract]

インプリント遺伝子マウスImpactの染色体上近傍遺伝子のアレル別発現解析
Allelic expression analyses of neighbors of the mouse imprinted gene Impact

岡村 浩司, 萩原-竹内 百合子, 榊 佳之, 伊藤 隆司
第25回日本分子生物学会年会 2P-0090 (2002年12月14日)
パシフィコ横浜
[要旨]

Allele-specific expression and DNA methylation analyses of the Hrh4 lying next to the imprinted gene Impact

Kohji Okamura*, Yoichi Yamada, Yuriko Hagiwara-Takeuchi, Yoshiyuki Sakaki, and Takashi Ito
Human Genome Meeting 2002, 11/86 (April 15, 2002)
Shanghai International Conference Centre, Shanghai, China
[Abstract]

マウスインプリント遺伝子ImpactのCpGアイランド導入トランスジェニックマウスの解析
Analyses of transgenic mice bearing the differentially methylated CpG island of the mouse imprinted gene Impact

岡村 浩司, 山田 洋一, 萩原-竹内 百合子, 榊 佳之, 伊藤 隆司
第24回日本分子生物学会年会 1P-057 (2001年12月09日)
パシフィコ横浜
[要旨]

Analyses of transgenic mice bearing the differentially methylated CpG island of the mouse imprinted gene Impact

Kohji Okamura, Yoichi Yamada, Yuriko Hagiwara-Takeuchi, Yoshiyuki Sakaki, and Takashi Ito
The 4th International Workshop on Advanced Genomics, P-41 (November 13, 2001)
Kyoto International Conference Hall, Kyoto, Japan
[Abstract]

マウスインプリント遺伝子ImpactとそのヒトホモログIMPACTの比較ゲノムおよびメチル化解析
Comparative genome and methylation analyses of the imprinted mouse gene Impact with its nonimprinted human homolog IMPACT

岡村 浩司, 萩原-竹内 百合子, 榊 佳之, 伊藤 隆司
第23回日本分子生物学会年会 2PA-069 (2000年12月14日)
神戸国際展示場
[要旨]

Allelic methylation analysis of the mouse imprinted gene Impact by its polymorphisms

Kohji Okamura, Yuriko Hagiwara-Takeuchi, Masahira Hattori, Yoshiyuki Sakaki, and Takashi Ito
The 3rd International Workshop on Advanced Genomics, P-72 (November 13, 2000)
Pacifico Yokohama, Yokohama, Japan
[Abstract]

Comparative genome analysis of the mouse imprinted gene Impact and its nonimprinted human homolog IMPACT

Kohji Okamura*, Yuriko Hagiwara-Takeuchi, Masahira Hattori, Yoshiyuki Sakaki, and Takashi Ito
Human Genome Meeting 2000, 57/296 (April 10, 2000)
Vancouver Convention and Exhibition Centre, Vancouver, Canada
[Abstract]

マウスインプリント遺伝子ImpactとそのヒトホモログIMPACTの比較ゲノム構造解析
Comparative genome analysis of the imprinted mouse gene Impact with its human homolog IMPACT

岡村 浩司, 萩原-竹内 百合子, 大島 健志朗, 服部 正平, 榊 佳之, 伊藤 隆司
第22回日本分子生物学会年会 2P-0070 (1999年12月10日)
福岡ドーム
[要旨]

ペニングイオン化反応の衝突エネルギー依存性における置換基効果
Substituent effect on the collision energy dependence of Penning ionization cross sections

岡村 浩司, 山門 英雄*, 大野 公一
日本化学会第70春季年会 1F125 (1996年03月28日)
青山学院大学
[要旨] [Abstract]

ホルムアミドメチル置換体のHe*(23S)によるぺニングイオン化部分断面積の衝突エネルギー依存性
Collision energy dependencies of partial ionization cross sections of formamide and its methyl group substituted compounds by He*(23S)

長田 有木郎, 岡村 浩司, 山門 英雄, 大野 公一
分子構造総合討論会1995 4Pb72 (1995年09月25日)
東北大学
[要旨] [Abstract]

ベンゾキノンの速度分解ペニングイオン化電子分光
Collision energy resolved Penning ionization electron spectra of p-benzoquinone

岡村 浩司, 山門 英雄, 大野 公一
分子構造総合討論会1995 4Pb71 (1995年09月25日)
東北大学
[要旨] [Abstract]

レーザー脱着法による多環芳香族炭化水素のペニングイオン化電子分光
Penning ionization electron spectroscopy of polycyclic aromatic hydrocarbons by laser desorption

山内 雅世*, 岡村 浩司, 山門 英雄, 大野 公一
日本化学会第69春季年会 3E145 (1995年03月29日)
立命館大学
[要旨] [Abstract]

酸無水物の速度分解ペニングイオン化電子分光
Collision energy resolved Penning ionization electron spectra of acid anhydrids

岡村 浩司*, 山内 雅世, 山門 英雄, 大野 公一
日本化学会第69春季年会 3E144 (1995年03月29日)
立命館大学
[要旨] [Abstract]

環状エーテル類の速度分解ペニングイオン化電子分光
Collision energy resolved Penning ionization spectroscopy for cyclic ethers with He*(23S)

山内 雅世*, 岡村 浩司, 山門 英雄, 大野 公一
日本化学会第68秋季年会 2F325 (1994年10月02日)
名古屋大学
[要旨] [Abstract]

アクロレインの速度分解ペニングイオン化電子分光
Collision energy-resolved Penning ionization electron spectra of acrolein

岡村 浩司*, 山内 雅世, 山門 英雄, 大野 公一
日本化学会第68秋季年会 2F322 (1994年10月02日)
名古屋大学
[要旨] [Abstract]

酸素分子による蛍光消光の新展開2
New aspects on fluorescence quenching by molecular oxygen II

佐藤 千佳*, 菊地 公一, 岡村 浩司, 高橋 康丈, 宮仕 勉
光化学討論会1994 IA112 (1994年10月26日)
千里ライフサイエンスセンター
[要旨] [Abstract]

Dissertations

種特異的刷り込み遺伝子の比較ゲノム解析

東京大学大学院医学系研究科分子細胞生物学専攻 (2003年03月)
[要旨] [博士論文]

共役カルボニル化合物の速度分解ペニングイオン化電子分光

東北大学大学院理学研究科化学専攻 (1996年03月)
[要旨] [修士論文]

極性溶媒中の酸素分子による蛍光消光

東北大学理学部化学科 (1994年03月)
[要旨] [学士論文]

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